In de zuidoostelijke uitbouw bevindt zich de consistoriekamer, een intieme ruimte waar de koster de koffie zet voor de dominee en waar bruidsparen zich kunnen terugtrekken voor de huwelijksplechtigheid. Want de kerk van Krommeniedijk is een geliefde trouwlocatie.
Interieur kerkzaal
Bij binnenkomst door de hoofdingang (zuidwest) is in het voorportaal een houten ordonnantiebord uit 1679 te zien, dat nog uit de vorige kerk afkomstig is. Hierop staan de reglementen vermeld voor het begraven in en bij de kerk. Het ordonnantiebord is in 1928 door de Noord-Hollandse archeoloog Johan Belonje in zeer slechte staat in het berghok van de kerk (het huidige kerkportaal) aangetroffen. Vervolgens is het bord bij de bank van de kerkvoogden geplaatst, tot het in 1942 – tijdens de restauratie van de kerk – werd gerenoveerd en in het voorportaal opgehangen.
De vloer in de kerk bestaat uit twee delen: een van hout waar de stoelen op geplaatst zijn en waar vroeger zand op gestrooid werd (hier zaten tijdens de eredienst de vrouwen), en verder is de kerk geplaveid met tot plavuizen verwerkte grafzerken.
De zestien eikenhouten banken (acht aan iedere kant) zijn tijdens de restauratie in 2002 verder uiteen geplaatst, om meer beenruimte te verkrijgen. Dit is te zien aan de afwijkend gekleurde plankjes in de schotten die de banken met elkaar verbinden. Tijdens de restauratie in de oorlogsjaren zijn de banken ontdaan van de okergele verf. Onder de voorste banken staat nog een aantal stoven.
Preekstoel
De preekstoel en het doopvont zijn ouder dan het kerkgebouw. De trap dateert echter uit 1942. Voorheen leidde een rechte trap naar het spreekgestoelte. De huidige trap is ontworpen om de koperen boog bij het doophek een nieuwe plaats te geven. (Zie voor de oude situatie het schilderij van Gerrit Jan de Geus.)
Aan het spreekgestoelte is een koperen standaard met een zandloper bevestigd. Het was de bedoeling dat de predikant de zandloper alvorens hij zijn preek begon omdraaide, om te voorkomen dat hij in zijn vervoering te lang zou uitwijden.
Aan de muur naast de preekstoel hangen drie zwart fluwelen collectezakken. Onderaan de zak hangt een belletje, om tijdens de dienst in slaap gevallen gemeenteleden mee te wekken.
Consistoriekamer
Het schilderwerk in de consistoriekamer is in 2008 gerenoveerd door Sepp Duschek. Eerst heeft hij heel zorgvuldig de oude, grijsgroene verflagen verwijderd, om na te gaan welke kleurrestanten er tevoorschijn kwamen.
Het resultaat na restauratie
Het orgel
Sinds 1964 bezit de kerk van Krommeniedijk een echt orgel, waarop regelmatig gespeeld wordt. Onder het orgel bevindt zich de regentenbank, waar de notabelen naast elkaar plaats konden nemen. Boven deze afgesloten ruimte is met sierletters de volgende tekst aangebracht: Des dorps Regenten Plaets al Hier Geordeneert – En kerkmeesters Mede nu als ook Regeerdt.
Net als de kerk van Krommeniedijk is ook het orgel opgenomen in het register van beschermde monumenten. Het was oorspronkelijk een huis(kabinet)orgel – gebouwd in de eerste helft van de negentiende eeuw – dat rond 1860 als kerkorgel in Assen in gebruik genomen is. Vermoedelijk heeft het orgel ooit dienst gedaan in Sappemeer, waarna het rond 1920 terecht kwam in het kerkgebouw van de Vereniging tot Evangelisatie in Wormer (waarschijnlijk in 1917, met de bouw van deze kerk aan de Dorpsstraat 28 te Wormer). Daar werd in 1962 door Flentrop orgelbouw te Zaandam het huidige front aangebracht.
Dit vlakke drieledige front vertoont geen eenheid van stijl; het heeft gotische spitsbogen, een renaissance tympaan, Louis XIV urnen en empire rozetten. Elk deel heeft zeven pijpen, waarvan de labia vanuit het midden oplopen, en is omlijst door spitsbogen en lijsten, elk voorzien van een kleine console. Tussen de spitsbogen bevinden zich twee catouches en op de hoeken twee halve cartouches, die doen denken aan wapenschilden. De kap bestond oorspronkelijk slechts uit een enkel versterkt ojiefprofiel aan de voorzijde en beide zijkanten. Het geheel wordt bekroond door een geschilderd tympaan, onderbroken door een vaas.
In 1962 is dit geheel vervangen door een vijfdelige zware versterkte kroonlijst met daarop een geprofileerd tympaan, eveneens onderbroken door een vaas. De kas wordt geflankeerd door rijk gesneden S-voluten uit bladranken en rozetten op vierkante basementen in het midden voorzien van een rozet, die door een verkeerde kleurverdeling slecht als zodanig is te herkennen. De onderkas, die aan beide zijden van het front uitsteekt, bestaat uit drie verdiepte panelen links en rechts voorzien van een urn waarop een draperie en omgeven door acaciatakken. Aan de bovenzijde is het voorzien van een ohiefprofiel. Het middelste paneel is versierd met schalmeien, acaciataken en de tekst van Psalm 150:
Looft Hem met geklank der bazuin; looft Hem met de luit en met de harp! Looft Hem met de trommel en de fluit; looft Hem met snarenspel en orgel! Looft Hem met hel klinkende cimbalen; looft Hem met cimbalen van vreugdegeluid!
Toen in 1964 de Vereniging tot Evangelisatie in Wormer werd opgeheven, is het orgel in het daarop volgende jaar naar de kerk van Krommeniedijk overgebracht. Daar werd voor die tijd gebruik gemaakt van een harmonium, dat in 1908 in de kerk was geplaatst. Op 7 juni van dat jaar werd het instrument feestelijk ingewijd door de heer H.W. Flentrop, met medewerking van een violist en een zangeres. Organist was toentertijd de heer K. Molenaar, die op 30 mei 1937 door dominee Boeke gehuldigd werd vanwege zijn 30-jarig jubileum als organist te Krommeniedijk. Dominee Boeke meldt in zijn boek Krommeniedijk en zijn kerk dat, voordat het harmonium in de kerk kwam, Dirk Max daar reeds een kwart eeuw als voorzanger fungeerde. Dirk Max was de vader van de veerman, die bij Molletjesveer reizigers (waaronder dominee Boeke, die in Knollendam woonde) overzette.
In de loop der tijd is het orgel uitgebreid met het pijpwerk van de Holpijp 8′ en de Fluit 4′. De laatste restauratie aan het instrument, door Flentrop Orgelbouw, heeft plaatsgevonden in 2010.
De dispositie van het orgel is als volgt:
Prestant 8′
Holpijp 8′
Salicet 4′
Fluit 4′
Gemshoorn 2′
Quint 2 2/3′ (Diskant)
De windlade en balg (magazijnbalg met één schepbalg) zijn achttiende-eeuws, net als de eikenhouten deuren van de boven- en onderkas aan de achterzijde en het paneel met de lessenaar. De overige kasdelen zijn van grenenhout. De cancelindeling van de lade is: aan de beide uiteinden C-c respectievelijk Cis-cis, met de grootste pijp middenin, daartussen d-f3 chromatisch. De oudste pijpen bevinden zich in de volgende registers: Prestant 8′, Holpijp 8′ (houten pijpen) en Quint 2 2/3′. De Prestant 8′ is voor de tonen C-Fis gecombineerd met de Holpijp 8′, G-h staan in het front, de discant staat op de lade. De Salicet 4′ bestaat uit negentiende-eeuws pijpwerk met spitslabia. Pijpwerk uit begin twintigste-eeuw is te vinden in Holpijp 8′ (metalen pijpen), Fluit 4′ en Gemshoorn 2′. De toonhoogte is A=440 Hz, de omvang manuaal C-f3 en het instrument heeft een pedaalklavier met achttien toetsen C-f.